L’origine des collections du Muséum d’Histoire naturelle remonte au cabinet de curiosités créé en 1770 par la faculté de médecine de l’Université.
En 1835, la Société Philomathique récupère les collections de l'Université et les intègre aux dons qu’elle reçoit, dans le but de constituer un cabinet d’Histoire naturelle destiné aux amateurs de science et de savoir.
En août 1837, l'enseigne de vaisseau Eugène Boluix adresse une lettre à la Société Philomathique dans laquelle il annonce l’offre à la Ville d’une collection d'oiseaux, de quadrupèdes et d'insectes exotiques mais suite à de nombreuses tergiversations, c’est finalement la Société Philomathique, dès lors renommée Société des Pyrénées-Orientales Sciences Belles Lettres Arts industriels et agricoles qui se propose pour récupérer cette collection et garantir sa conservation. La collection Boluix et les objets d'histoire naturelle de l'ancien cabinet furent alors transférés dans les locaux de la Société à l’initiative du Docteur Louis Companyo, l’un de ses membres les plus actifs.
Le 4 août 1840, par convention, la Ville acquiert le cabinet d’Histoire naturelle de la Société et fonde enfin le Musée d’Histoire naturelle de Perpignan. Le 21 décembre 1840, la Ville place à la tête de ce nouvel établissement municipal le Docteur Louis Companyo qui fera bénéficier le musée de sa connaissance des collections.
Sous son impulsion, le fonds originel est alors complété par l’acquisition de grandes collections privées comme celle du Docteur Bonafos.
Installé à l'origine rue du Musée, dans le même immeuble que la Bibliothèque municipale et le Musée des Beaux-arts, le Musée d’Histoire naturelle est transféré en 1900 au premier étage du bâtiment dans lequel il se trouve aujourd’hui, l’Hôtel Ҫagarriga, et prend officiellement le nom de Muséum d’Histoire naturelle.
En raison de l'accroissement constant des collections, la Ville procèdera à l'acquisition progressive (de 1987 à 1990) du reste de l’hôtel, jusqu’à l’obtenir dans son ensemble.